FFC:s högsta beslutande organ är representantskapet, som väljs vart fjärde år. Representantskapet sammanträder två gånger per år. Det består av 113 ordinarie medlemmar, av vilka tre fungerar som ordförande: en ordförande och två vice ordförande.
Representantskapet utser FFC:s ordförande och styrelsens ordinarie medlemmar, personliga suppleanter och högst 15 allmänna suppleanter. För perioderna 2016–2020 samt 2020–2024 har Jarkko Eloranta valts till FFC:s ordförande.
Representantskapet väljer också revisorer och deras suppleanter.
För FFC:s verksamhet ansvarar styrelsen som utgörs av medlemsförbunden. Utöver ordförande består styrelsen av 18 ordinarie medlemmar. Inom sig utser styrelsen arbetsutskottet. Styrelsen slår också fast sammansättningen för FFC:s ledningsgrupp samt de interna uppgifts- och ansvarsområdena.
Förbundens och FFC:s gemensamma expertarbete samt expertarbetet på förbundsnivå är organiserat genom expertgrupper och projektarbetsgrupper.
Utöver centralbyrån i Hagnäs i Helsingfors har FFC sex regionkontor: Helsingfors, Kouvola, Åbo, Tammerfors, Kuopio och Uleåborg. För regionverksamheten ansvarar FFC:s region- och organisationsexperter.