SAK:n korkein päättävä elin on neljän vuoden välein valittava edustajisto. Edustajisto kokoontuu kaksi kertaa vuodessa. Sillä on 129 varsinaista jäsentä, joista kolme toimii puheenjohtajina: yksi puheenjohtajana ja kaksi varapuheenjohtajana.
Edustajisto valitsee SAK:n puheenjohtajan ja hallituksen varsinaiset jäsenet, henkilökohtaiset varajäsenet ja korkeintaan 15 yleisvarajäsentä. Kaudelle 2020–2024 SAK:n puheenjohtajaksi on valittu Jarkko Eloranta.
Edustajisto valitsee myös tilintarkastajat ja näiden varahenkilöt.
SAK:n toiminnasta vastaa ammattiliittojen muodostama hallitus. Puheenjohtajan lisäksi siinä on 19 varsinaista jäsentä. Hallitus asettaa keskuudestaan työvaliokunnan. Hallitus määrittelee myös SAK:n johtoryhmän kokoonpanon sekä sisäiset tehtävä- ja vastuualueet.
Liittojen ja keskusjärjestön yhteinen sekä liittojen välinen asiantuntijayhteistyö on organisoitu asiantuntijaryhmien ja hanketyöryhmien kautta.
Helsingin Hakaniemessä sijaitsevan keskustoimiston lisäksi SAK:lla on 6 aluetoimistoa: Helsinki, Kouvola, Turku, Tampere, Kuopio ja Oulu. Aluetoiminnasta vastaavat SAK:n alue- ja järjestöasiantuntijat. Lisäksi SAK:lla on edustaja Ahvenanmaalla.